Rękojmia wiary publicznej ksiąg wieczystych chroni nabywcę użytkowania wieczystego także w razie wadliwego wpisu w księdze wieczystej Skarbu Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego, jako właściciela nieruchomości (uchwała składu siedmiu sędziów Sądu Najwyższego z dnia 15 lutego 2011 r. Sygnatura akt III CZP 90/10). W piśmiennictwie i orzecznictwie pojawiły się zasadnicze kontrowersje, co do tego, czy rękojmia wiary publicznej ksiąg wieczystych (art. 5, 6 ustawy z dnia 6 lipca 1982 r. o księgach wieczystych i hipotece – dalej: „u.k.w.i.h.”) może chronić nabywcę prawa użytkowania wieczystego w przypadku, gdy Skarb Państwa w rzeczywistości nie był właścicielem nieruchomości gruntowej. Sytuacja taka może nastąpić wówczas, gdy podstawę ujawnienia jako właściciela Skarbu Państwa (jednostek samorządowych) stanowiła wadliwa decyzja nacjonalizacyjna, a następnie doszło do stwierdzenia nieważności tej decyzji z mocą wsteczną. Zgodnie z przepisem art. 232 k.c. użytkowanie wieczyste mogło i może nadal obciążać jedynie państwowe nieruchomości gruntowe, a po nowelizacji – także nieruchomości jednostek samorządu terytorialnego. Nie można, zatem dopuścić do powstania użytkowania wieczystego na nieruchomości stanowiącej własność osoby fizycznej, w tym prawowitego właściciela. Sąd Najwyższy (SN) przyjął koncepcję, która zakłada wystąpienie dwóch skutków prawnych działania rękojmi wiary publicznej ksiąg wieczystych, tj. nabycia prawa użytkowania wieczystego od nieuprawnionego (skutek podstawowy) i nabycia prawa własności tej nieruchomości przez Skarb Państwa lub jednostek samorządu terytorialnego (skutek wtórny). SN zauważył, że „taka interpretacja art. 5 u.k.w.i.h. może wywołać zastrzeżenia natury aksjologicznej i systemowej. W niektórych sytuacjach może ona prowadzić do „legalizowania” ex post bezprawnych działań Skarbu Państwa, skierowanych na odjęcie prawa własności gruntu właścicielom, skoro chroniony rękojmią użytkownik wieczysty ma pozostawać w odpowiedniej relacji prawnorzeczowej ze Skarbem Państwa (jednostką samorządu terytorialnego).” Jednak były właściciel gruntu nie pozostaje bez ochrony, przysługuje mu, bowiem roszczenie odszkodowawcze przeciwko Skarbowi Państwa (jednostce samorządu terytorialnego) z racji definitywnej utraty prawa własności gruntu.